通過預科教育階段的學生進入為期3.5年的工程師教育階段。該培養階段按照法國工程師培養模式開展教學活動，在課堂教學、實驗教學、工程實踐等各個環節嚴把質量關，注重培養學生系統航空工程知識結構及較強的實踐與創新能力。培養學生勇于探索未知、開創未來的不畏困難、堅韌不拔的優秀意志品質。

工程師教育培養方案由法國航空航天大學校集團（GEA）、中歐雙方合作企業以及中歐學院共同確定，分為專業基礎課程、專業課程、企業實習與實踐等培養環節。中法雙方大學教授、中歐航空企業專家共同承擔基礎教學、專業教學、實習與實踐、畢業論文等相關培養工作，完成精英工程師培養的全過程。課程分類如下：

1、工程科學知識培養：課程分為公共主干課程和專業主干課程兩部分。

（1）公共主干課程：指中歐學院所有學生在分專業方向之前必修的航空領域專業基礎課。

（2）專業主干課程：專業方向從工程師階段第二學年的第二學期開始分為：①飛機結構與材料；②航空推進系統；③航空電子系統。

2、工程實踐能力培養：主要包括課內實驗和企業實習兩部分。

（1）課內實驗

依托中歐學院綜合實驗平臺（詳見實驗室建設介紹），以培養學生工程實踐能力為目標，緊密結合理論課程培養方案，開展相應課內實驗教學。

（2）企業實習

企業實習包括：藍領實習，技術實習，專業實習，依次在工程師階段第一年、工程師階段第二年、工程師階段第四年開展，先后完成8個月、三個層次的企業實習實踐培養。

當前校企合作也取得了一定的成績，學院執行委員會與企業委員會為學院的建設發展提供了重要的支持與保障，為學院創建了一批學生實習實踐基地和創新創業基地。2014年8月，參與申報的“中國民航大學—AMECO研究生聯合培養基地”順利獲批，成為“全國示范性全日制工程碩士專業學位研究生聯合培養實踐基地”（全國首批僅批準了28個單位）。